একটি ইলেক্ট্রোফোরেসিস সিস্টেম দুটি প্রধান উপাদান নিয়ে গঠিত: একটি পাওয়ার সাপ্লাই এবং একটি ইলেক্ট্রোফোরেসিস চেম্বার। পাওয়ার সাপ্লাই পাওয়ার সাপ্লাই করে। এই ক্ষেত্রে "শক্তি" হল বিদ্যুৎ। পাওয়ার সাপ্লাই থেকে যে বিদ্যুৎ আসে তা ইলেক্ট্রোফোরেসিস চেম্বারের এক প্রান্ত থেকে অন্য দিকে প্রবাহিত হয়। চেম্বারের ক্যাথোড এবং অ্যানোড হল বিপরীত চার্জযুক্ত কণাগুলিকে আকর্ষণ করে।
ইলেক্ট্রোফোরেসিস চেম্বারের ভিতরে, একটি ট্রে--আরো সঠিকভাবে, একটি ঢালাই ট্রে। ঢালাই ট্রে নিম্নলিখিত অংশগুলি নিয়ে গঠিত: কাচের প্লেট যা ঢালাই ট্রের নীচে যায়৷ জেলটি ঢালাই ট্রেতে রাখা হয়। "ঝুঁটি" দেখতে তার নামের মতো। চিরুনিটি ঢালাই ট্রের পাশে স্লটে রাখা হয়। গরম, গলিত জেল ঢেলে দেওয়ার আগে এটি স্লটে রাখা হয়। জেল শক্ত হওয়ার পরে, চিরুনিটি বের করা হয়। চিরুনিটির "দাঁত" জেলের মধ্যে ছোট ছোট ছিদ্র ফেলে যাকে আমরা "কূপ" বলি। চিরুনির দাঁতের চারপাশে গরম, গলিত জেল শক্ত হয়ে গেলে ওয়েলস তৈরি করা হয়। জেল ঠাণ্ডা হয়ে যাওয়ার পরে চিরুনিটি বের করা হয়, কূপগুলি রেখে। কূপগুলি আপনি পরীক্ষা করতে চান এমন কণাগুলি রাখার জন্য একটি জায়গা সরবরাহ করে। কণা লোড করার সময় একজন ব্যক্তিকে জেলটি ব্যাহত না করার জন্য খুব সতর্ক থাকতে হবে। ক্র্যাকিং, বা জেল ভাঙ্গা সম্ভবত আপনার ফলাফল প্রভাবিত করবে।